医药物流的高价值、高准入条件、高技术含量，对信息系统和物流管理等高专业要求，使跨国巨头在与国内医药物流企业竞争时有更加明显的综合优势。可以说，跨国巨头已经赢在起跑线上。而技术层面的障碍、体制障碍及观念上的因素是制约我国医药物流最主要的原因，具体分析起来主要有以下几个方面：
一、技术障碍
信息化水平落后
在我国，信息技术的应用尚处于起步阶段，大多没有物流信息系统，信息缺乏相互链接和共享，远远没有达到物流运作所要求的信息化水平。尽管许多药品供应商、中间商、零售商、医院药房等都配备了电子计算机，但由于相互之间大多没有形成网络，因而发挥的作用极为有限。
缺乏统一的药品标准编码
目前，我国物资编码尚未实现标准化，各个领域分别制订了自己的物流编码，其结果是不同领域之间情报不能传递，电子计算机无法联网，因而妨碍了系统物流管理的有效实施，医药行业也不例外。药品进入不同的连锁门店，就相应印上自己的编码。进入超市的非处方药，则被纳入超市的编码系统。不同的连锁企业之间、连锁企业与超市之间的互不兼容，势必会造成信息处理和流通效率低下，这是困扰物流配送的又一大难题。
二、体制障碍
工商政策与药监政策不配套
国家药监机构允许连锁企业跨区域经营，可以对异地所属连锁门店进行垂直管理和物流配送，而且，连锁企业在公司的设置程序上也不违背《公司法》规定。可是按照工商部门的政策，就是同一法人主体在同一区域范围内设立的分店也全部都是分公司，而不是连锁企业。这种政策间的不相协调，势必制约医药商业物流的发展，因为物流业的发展有赖于大型医药连锁企业的发展。
医药市场行政分割、地方保护严重
现代商业物流要求打破地区界限，吸收现代科学技术的最新成果，将信息技术革命应用到电子商务领域，将专业化分工推进到更高的层面，在更大范围内合理配置资源。而在市场分割状态下，往往形成“大而全”、“小而全”的批发企业，其物流组织形式分散、低效、高耗，这样势必对医药零售连锁企业实行跨地区、跨行业、跨部门、跨所有制的大型企业集团产生不利影响。
三、观念障碍
医药物流在我国刚刚起步，由于受传统体制及历史包袱的影响，其服务观念、管理水平与市场要求相比，还存在着较大差距。不少业内人土，包括一些领导在内，仍然没有一个正确的物流概念，以为物流就是“运输加仓储”，对于如何加强物流管理，如何设计符合现代发展要求的、符合行业特点的信息化、网络化物流中心，还缺乏足够的认识;有的盲目自信，以为只要上了各种信息管理系统就是现代化物流了。
诚然，信息是物流的基础，但如果企业缺乏有效的管理，就不能有效整合上、下游资源，不能及时地配送以提高服务质量，不能很好地树立晶牌形象;如果企业在信息化基础上没有相应、及时地进行企业内流程再造，没有进行企业组织结构创新，那么这样的物流企业在竞争中同样会败北。
